大約在三年前，生物學家們對究竟是什麼造成型態的演化有了場大爭議：是基因的改變，還是調控基因的DNA區塊改變才造成型態差異呢？同時，因為缺乏有力的證據可供支持，有些研究人員覺得調控區域的改變其實無關緊要。(Science, 8 August 2008,p.760)。然而現在有了新發現，兩組不同的實驗人員分別於果蠅和無骨魚上進行實驗，結果不僅發現調控區塊的改變的確與生物的適應性有關，並且也揭露了基因表現的細節。
在鹽水中，棘魚的骨盆使得獵食者難以下嚥，然而在淡水中，棘魚骨盆的隆起處卻會造成妨礙，使蜻蜓 或其他的肉食性昆蟲容易抓取棘魚。在2004年，Kingsley和他的同事追蹤淡水棘魚中骨盆的消失情況，發現基因─Pitx1可能是主要的原因。Pitx1在許多成長的階段都會活躍，然而於骨盆的區塊，只有鹽水棘魚的Pitx1會有活躍的情形，淡水棘魚則無。然而，淡水棘魚與鹽水棘魚的Pitx1基因區塊幾乎沒有差異，這暗示著調控基因的DNA區塊才是主因。
他們後續的研究證實了這項猜測，Kingsley與德國的研究學生將DNA切塊分析，找到了一個名為Pel的enhancer，在棘魚的骨盆中可以開啟Pitx1。他們接著比較鹽水棘魚與來自其他九個不同湖泊的棘魚，發現其他棘魚在Pel enhancer的區塊皆有或多或少的遺失，多數的棘魚裡都明顯地遺失了關鍵的488個DNA鹼基。
為了證實他們的假設，Kingsley和他的同事將鹽水棘魚的Pel與Pitx1置入淡水棘魚的受精卵中，結果原本應該沒有骨盆的棘魚長出了骨盆的結構。
至於果蠅的實驗，演化生物學家 Sean Carroll 及 Mark Rebeiz 針對為何在非洲較高海拔的果蠅擁有較深的顏色展開了研究。先前已有研究指出這個顏色的差異來自於一個名為 ebony 的基因。這個新實驗則進一步縮小範圍，他們找出了負責調控基因的 enhancer 區域，指出了會產生不同程度基因表現的五處變異。
腹色較淡的果蠅有三處變異，腹色較深的果蠅也有兩處新的變異。這兩處變異最能夠抑制 ebony 的基因表現，然而唯有當五處變異都存在時才會造成完整的顏色改變。
演化生物學家 William Cresko說：「這些研究有兩個重要的結論：一個是，重大的演化─比如顏色改變─事實上是少數的小步驟造成（enhancer上的多重突變）。第二，在群體中適應性的突變有時不會被察覺。」
謹慎是科學的美德，Creko最後不忘說道：「然而我們還需要更多來自不同的生物類群的案例研究，才能對此一機制擁有全面的瞭解」。可以想見的是，這場爭議還會延燒個好幾年。
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